Niektórzy badacze uznają paprotniki za takson parafiletyczny, wchodzące w jej skład klasy podnoszą do rangi gromad, a nazwę paprotniki stosują jako termin morfologiczno-ekologiczny, a nie taksonomiczny.
Z reguły liście są wyraźnie grzbieto-brzuszne. Szparki typowe, mezofil może być zróżnicowany na miękisz palisadowy i gąbczasty, u wielu w komórkach epidermy obecne są chloroplasty. Wyróżnia się liście asymilacyjne (trofofile) i zarodnionośne (sporofile), czasem jeden liść bywa podzielony na część asymilacyjną i zarodnionośną (np. długosz królewski).
↑ Nazwa w systemie Reveala, wg ITIS, the Integrated Taxonomic Information System jest to synonim dla ważnej nazwy Pterophyta. Z kolei Mirek i in. (2002) w "Krytycznej liście roślin naczyniowych Polski" za nazwę ważną uznają Polypodiopsida i sprowadzają paprotniki do rangi klasy.
↑ Smith, A. R., K. M. Pryer, E. Schuettpelz, P. Korall, H. Schneider & P. G. Wolf. 2006. A classification for extant ferns. Taxon 55(3): 705–731.dostęp online